خطرات سی تی اسکن مغز شامل موراد زیر می شود:

• قرار گرفتن در معرض تشعشعات
• واکنش آلرژیک به کنتراست
• صدمه کلیوی بخاطر کنتراست

سی تی اسکن ها نسبت به رادیولوژی های عادی از تشعشعات بیشتری استفاده می کنند. انجام تعداد زیادی رادیولوژی یا سی تی اسکن به مرور زمان ممکن است احتمال سرطان را افزایش دهد. با این حال این احتمال برای تنها یک اسکن، بسیار کم است. شما و پزشکتان می توانید مزایای تشخیص درست یک عارضه پزشکی را در مقایسه با این خطر بسنجید.

برخی افراد به کنتراست آلرژی دارند. اگر تا کنون به تزریق کنتراست واکنش آلرژیک داشته اید، به پزشک خود اطلاع دهید.

• رایج ترین نوع کنتراست که تزریق می شود حاوی ید است. اگر به فردی که آلرژی ید دارد این کنتراست تزریق شود، ممکن است حالت تهوع یا استفراغ، عطسه، خارش یا کهیر را تجربه کند.
• اگر قرار است این کنتراست به شما داده شود، ممکن است لازم باشد قبل از تصویربرداری آنتی هیستامین ها یا استروئید مصرف کنید.
• کلیه ها به دفع ید از بدن کمک می کنند و ممکن است لازم باشد افرادی که بیماری کلیوی دارند یا دیابتی هستند بعد از تصویربرداری مایعات بیشتری بنوشیند تا به دفع ید از بدنشان کمک شود.

در موارد نادر، ممکن است کنتراست واکنش آلرژیک مرگباری به اسم آنافیلاکسی ایجاد کند. اگر شما در طول تصویربرداری در تنفس خود مشکل دارید، باید به سرعت به کارشناس اطلاع دهید. دستگاه سی تی اسکن مجهز به اینترکام و اسپیکر است تا کارشناس بتواند در طول تصویربرداری صدای شما را بشوند.